Το Εργαστήριο Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης, από την ίδρυσή του μέχρι σήμερα, διατηρεί μια ιδιαίτερα ενεργή ερευνητική παρουσία και δραστηριότητα, η οποία επικεντρώνεται σε ένα ευρύ φάσμα από ειδικές θεματικές. Η έρευνα που υλοποιούμε κινείται σε περισσότερες από μία περιοχές και υποστηρίζεται από διαφορετικές μεθοδολογίες, όλες τους βρίσκονται στην αιχμή του διεθνούς ερευνητικού ενδιαφέροντος ή της ελληνικής εκπαιδευτικής πραγματικότητας. Αν και σημαντικό μέρος της έρευνάς μας εντάσσεται σε και υποστηρίζεται από χρηματοδοτούμενα ερευνητικά προγράμματα, ευρωπαϊκά ή εθνικά, εξακολουθούμε να υποστηρίζουμε και να προωθούμε ερευνητικές πρωτοβουλίες και δράσεις που διενεργούνται χωρίς εξωτερική χρηματοδότηση, με τη συμβολή της ομάδας συνεργατών του Εργαστηρίου. Ο στόχος είναι να συνεχίζουμε, ανεξαρτήτως συνθηκών και πόρων, να «κάνουμε έρευνα» πάνω σε θέματα της θεωρίας και της πράξης της Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης που είναι σημαντικά, επίκαιρα, σε άμεση σύνδεση με σύγχρονες προβληματικές και που προωθούν την αλλαγή και την καινοτομία στην εκπαίδευση, στο περιβάλλον και στην κοινωνία.

Ορισμένες από τις θεματικές στις οποίες επικεντρώνεται η ερευνητική δραστηριότητα του Εργαστηρίου Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης είναι οι ακόλουθες:

• Η παρουσία και ο ρόλος του εκπαιδευτικού στην Περιβαλλοντική Εκπαίδευση (ΠΕ) και την Εκπαίδευση για την Αειφόρο Ανάπτυξη (ΕΑΑ): διαστάσεις και προκλήσεις, προσωπικές θεωρίες και διδακτικές επιλογές, οι εκπαιδευτικοί ως "σχεδιαστές" μαθησιακών εμπειριών, χειραφέτηση και ενδυνάμωση του εκπαιδευτικού μέσω καινοτόμων προγραμμάτων επαγγελματικής ανάπτυξης.
• Η αφηγηματική διερεύνηση της εμπειρίας στις σχέσεις μας με τη φύση και το περιβάλλον και η σύνδεση της με τη μάθηση και στην προσωπική επαγγελματική πρακτική των εκπαιδευτικών.
• Επιστήμη των Πολιτών και ΠΕ/ΕΑΑ: καλλιεργώντας την ενεργό πολιτότητα στην κοινότητα και ικανότητα για δράση για το περιβάλλον και την αειφορία.
• Μαθαίνοντας μαζί με τον πέρα-από-τον-ανθρώπινο κόσμο: μετα-ανθρωπιστικές προσεγγίσεις και παιδαγωγικές στην ΠΕ/ΕΑΑ.
• Κλιματική εκπαίδευση σε σχολικά και μη περιβάλλοντα: προκλήσεις και δυνατότητες.
• Η αξιοποίηση των ψηφιακών τεχνολογιών στη διδασκαλία και τη μάθηση στην ΠΕ και ΕΑΑ ως υποστηρικτικών εργαλείων προσωπικής και συλλογικής έκφρασης, αναπαράστασης και αναστοχασμού γύρω από "δύσκολες" έννοιες και ζητήματα περιβάλλοντος και αειφορίας.
• Η πρόκληση της διεπιστημονικότητας στην ΠΕ/ΕΑΑ: η "διάβαση των συνόρων" και η αναζήτηση των κοινών τόπων σύμπλευσης σε επίπεδο εκπαιδευτικής έρευνας και πρακτικής ανάμεσα στην ΠΕ/ΕΑΑ και σε άλλα επιστημονικά και εκπαιδευτικά πεδία.
• Η ανάπτυξη της  συλλογικής δημιουργικής σκέψης μαθητών και εκπαιδευτικών μέσα από την ΠΕ/ΕΑΑ και για την ΠΕ/ΕΑΑ.